Как в городских, так и в сельских местностях, кроме мактабов, продолжали функционировать индусские школы, где преподавание велось на санскрите и других индийских языках.
В столичных школах-медресе собирались ученые всей страны для изучения математики, астрономии и медицины. Медресе при Великих Моголах стали настоящими центрами учености.
Сам падишах Акбар отличался стремлением к знаниям, веротерпимостью и способствовал обмену достижениями культуры во всеиндийском масштабе.
Существовало много центров образования – таких, как Агра, Лахор, Фатхпур-Сикри и Сиалкот. В Агре было несколько школ и средних учебных заведений, куда стекались учащиеся из самых далеких мест. Несколько школ и семинарий было также в Сикри. Знаменитая Ибадат Хана в Сикри была местом встреч интеллигенции разных национальностей и центром, где творили при Акбаре блестящие ученые.
В качестве учебного помещения использовалась гробница Хумаюна, при которой находилась одна из средних школ. Много общеобразовательных школ было создано частными лицами, например средняя школа Махам Анага и медресе Хаджа Мугин в Дели, медресе Маулана Садруддин в Шахджаханабаде, медресе Акрам-уд-дин, Абд-ул Хаким и Рафи-уд-дин в период правления Аурангзеба, а также медресе Гази-уд-дин, основанное в период заката Могольской империи.
В стране существовало также множество кархана (мастерских), где желающие могли получить профессионально-техническое образование. Хотя арабский язык начиная с XIII в. стал мертвым языком, в период Моголов преподавание в высших мусульманских учебных заведениях велось именно на нем. На арабском издавались все научные труды, не говоря уж о теологических.
Персидский изучался лишь постольку, поскольку на нем считалось приличным изъясняться в культурном обществе, как, например, по-французски – в Европе.
Для завершения образования наиболее способные ученики-мусульмане из Индии обычно отправлялись на год в Мекку (Аравия). Лица, посетившие Мекку, пользовались в Индии большим уважением.