Его преемник, по примеру английских и французских королей, пытался подчинить себе церковь, но его преобразования закончились неудачей.
Роскошный образ жизни Вердаля, попытки показать себя полноправным владыкой закономерно вызвали возмущение всех обитателей острова, от простых горожан до орденской верхушки. Апогеем безрассудного поведения гроссмейстера явились ужины в новой резиденции, где пирующие наслаждались изысканными яствами, летом 1592 года, когда на архипелаге свирепствовала чума. Следующей весной народ Мальты умирал от голода, задевшего даже благополучных кавалеров. Затянувшаяся оргия завершилась в Риме, куда утративший чувство меры магистр был вызван папой и где умер, не дождавшись аудиенции.
Весомый вклад в борьбу с братьями внес свободный от орденских традиций епископ. Пригласив на остров иезуитов, он обрел умных, зато беспринципных, лицемерных и жестоких союзников, успевших отличиться в недобрых делах. В течение 200-летней истории Мальтийского ордена за порядком в душах госпитальеров следили 63 великих инквизитора. Ни один из множества духовных наставников не остался без отрицательного внимания со стороны гроссмейстера или его приближенных: отношения колебались от легкой неприязни до открытых схваток. Удивляет легкость, с которой воинственная братия вступала в конфликты с теми, кому предназначались высшие посты в католической церкви. Все пребывавшие на острове инквизиторы получили сан епископа, 25 из них стали кардиналами, а двое надели папскую тиару. Достигнув вершины духовной власти, они могли бы содействовать ордену, но в большинстве своем не делали этого, видимо вспоминая о распрях, слишком часто возникавших в ходе сотрудничества иоаннитов и представителей Римской курии.
Дом правительства Мальты, иначе называемый дворцом великих магистров, был построен по проекту Джероламо Кассара в 1574 году и до сих пор находится в центре города, на площади Республики. Сложенный из песчаника, он имеет классически скромный вид, как положено зданию, где вершится большая политика.