После того боя Турция надолго утратила господство на просторах Средиземного моря. Для Османской империи это поражение стало первым проявлением слабости. Тем не менее опасность вторжения турок была реальной, особенно когда султан Селим, сын Сулеймана и его любимой жены, бывшей наложницы-украинки Роксоланы, захватил Тунис, в последний момент обойдя Мальту стороной.
Участием Мальтийского ордена отмечены военные экспедиции испанцев в Алжире и французов в Канаде. Заметный след в истории войн оставил поход, завершившийся взятием городов Наварин и Хиос. В начале XVII века мальтийские кавалеры высадились на западном побережье Пелопоннеса, опустошив города Лепанто и Патры. Им принадлежит сомнительная заслуга в захвате Коринфа, победе при Сан-Маро, усмирение бунтовщиков в герцогствах Парма и Пьяченца. Зато разгром турецкого флота в проливе Дарданеллы имел последствием события 1615 года, когда прибывший на Мальту 5-тысячный турецкий отряд закончил операцию на дне моря.
К 1632 году на архипелаге проживало около 50 тысяч человек. Большая их часть проживала в столице и близлежащих селениях Биргу и Сенглеа, составлявших единый укрепленный комплекс вокруг Большой гавани. В то время значительно усиленный флот госпитальеров часто вступал в неравные схватки и неизменно выходил победителем. В хрониках описаны победы мальтийцев над превосходящими силами врага: «Военные подвиги кавалеров не переставали возвышать славу их оружия. Брат Адриан Ланго с одним кораблем „Святая Екатерина“ атаковал 7 алжирских кораблей, обратил их в бегство и даже захватил один, именовавшийся „Полумесяц“, уничтожив 40 пушек и 400 человек экипажа, тогда как сам потерял только 7 матросов».
Мальтийский орден официально являлся сувереном и в этом качестве присутствовал на самых престижных европейских собраниях: Вестфальском мирном конгрессе и Нюрнбергских переговорах суверенов – участников мирного договора. Кроме того, кавалеры принимали участие в заключении мирных договоров в Ниймегене, Утрехте, присутствовали на переговорах Польши с Россией в конце XVIII века.
