Однако полностью искоренить ислам не удалось ни ему, ни тем, кто пришел следом. Из документов конца XII века известно, что тогдашние мальтийцы разговаривали на итальянском языке и быстро приобщались к новой культуре, видимо ощутив себя жителями полноценной европейской страны. Последний норманнский король умер, не оставив наследников, поэтому Мальта перешла под управление германских императоров. В 1249 году ее представитель Фридрих II расправился с «неверными» на всех своих землях, не забыв и арабов Мальты. Однако с островов бежали далеко не все мусульмане; многие приняли христианство, чем спасли себя и своих родственников, не пожелавших покидать обжитые места.
Палаццо Фальцон в Мдине
С 1268 года архипелаг принадлежал сицилийскому королю Карлу I Анжуйскому, затем находился под контролем испанцев – арагонских и кастильских правителей. Официально Мальта не входила в состав Сицилийского королевства, и островами долгое время распоряжались феодалы. Последним из них был некий Гонсальво Монрой, свергнутый и затем изгнанный восставшими островитянами. Конфликт разрешился в 1398 году, когда обиженный наместник принял от жителей Мальты 30 тысяч флоринов, а король Альфонс V Арагонский, не желая кровопролития, согласился присоединить острова к своим владениям. Тогда же старая столица получила европейское название Мдина.
Вплоть до прихода иоаннитов Мальта управлялась сицилийскими правителями, жила по законам Сицилии и развивалась одновременно с ней. Население архипелага относило себя к сицилийскому народу, отчего не осознавало своей самобытности. В немалой степени тому способствовала эмиграция: страх нападения мусульман заставлял покидать Мальту и спасаться на Сицилии.
Несмотря на легкость передвижения, эмигранты встречались с немалыми трудностями, ведь на архипелаге оставались родственники и друзья. Преодолев жизненные перипетии, большинство из тех, кто решился покинуть родину, вскоре возвращались за семьями, поскольку устраивались на новом месте гораздо лучше, чем на Мальте.
Балкон средневекового здания в Виктории
В пору позднего Средневековья отток населения настолько увеличился, что однажды всем сицилийским мальтийцам был отдан приказ вернуться на острова.
