За короткий срок пребывания в Иерусалиме они успели перессориться со всеми влиятельными феодалами.
Высокомерие, агрессивность, мелочные склоки с тамплиерами вкупе с неуважительным отношением к правителям королевства обернулись серьезными неприятностями в тяжелые времена, когда папы и монархи опасались связывать свои планы со скандалистами. Вынужденно покинув Кипр, на Родосе орден враждовал с греками и Римской курией. Едва закрепившись на Мальте, кавалеры ополчились буквально против всех, включив в число врагов королей, папских нунциев, сицилийских владык, местных аристократов, простых мальтийцев и могущественных иезуитов. Последние прибыли на остров по приглашению местного епископа, в 1592 году приняв предложение о сотрудничестве в сфере духовного воспитания.
С точки зрения современного обывателя большинство причин, вызывавших в то время скандалы, кажутся нелепыми. Не принимая во внимание серьезные разногласия, стоит отметить, что в галантную эпоху, каковой признается XVI век, придворный этикет и формальный престиж имели огромное значение. Оттого кавалеры не уставали спорить о том, кто должен уступать дорогу на тесных улочках столицы или кому стоит отвечать на визит.
Более серьезные этические проблемы возникли вскоре после Великой осады. Военная угроза миновала, победители могли бы вздохнуть спокойно и отдать мирному строительству силы, не потраченные в борьбе с турками. Однако излишек энергии был направлен совсем в иную сторону, а именно на бунт, вспыхнувший среди молодой братии. Причиной недовольства послужил диктат великого магистра, вражда между языками, холодность мальтийской знати, борьба за чины, а может быть просто жажда удовольствий. Глухой ропот поры правления ла Валлетта перерос в открытое противостояние тотчас после того, как место главы ордена занял Жан л,Эвек де ла Кассиер.
Став большой внутренней проблемой, конфликт принизил авторитет ордена, показав отсутствие единства в союзе, который до тех пор считался духовным монолитом. Испанских рыцарей унижала их якобы второстепенная роль в братстве.