Со сменой эпох изменялись взаимоотношения ордена с другими государствами и организациями. Не вечными оказались и дарованные папами привилегии, которых за долгую историю братства накопилось немало.
Гроссмейстеру разрешалось каждые пять лет выделять командорство кому-нибудь из рыцарей, взимая респонсию и самовольно распоряжаясь полученными деньгами. Исполнительную власть в ордене осуществлял подчиненный капитулу совет, состоящий из великого магистра, столпов (глав языков), приоров и бальи. Носители всех этих титулов были кавалерами Большого креста. В отличие от малого, серебряного, полагавшегося каждому посвященному рыцарю, он был золотым и носился на цепи из того же металла или на черной ленте. Над Большим крестом обычно располагались дополнительные символы, например золотая корона и родовой герб. С середины XVII века серебро в малых крестах заменила белая эмаль, а углы стали украшаться рисунками, преимущественно с изображением лилий.
К посвящению в рыцари допускались только члены утвержденных языков. Прежде чем начать подготовку к вступлению в братство, кандидат вносил в казну пассаджо, как в Средневековье называли сумму, которую рыцарь получал от паломника за охрану на пути в Иерусалим. Приезжая на Мальту 12-летним подростком, будущий иоаннит три года служил пажом гроссмейстера, а затем возвращался домой. Отметив 16-летие, он вновь прибывал на остров, чтобы в течение двух лет постигать премудрости бытия госпитальеров. Когда испытательный срок заканчивался, кандидат навещал семью и заодно успевал послужить в свите своего короля. Вместе с благоприятным отзывом о службе он обретал надежду на вступление в Мальтийский орден. Церемония посвящения проходила в Валлетте, в церкви приорства, и всегда начиналась с отпущения грехов. Держа в руке горящую свечу как символ благочестия, посвящаемый слушал мессу, затем приводился к причастию, отвечая на вопросы о наличии жены, долгах, доказывал, что не является рабом. Если ответы не вызывали сомнения, священник провозглашал юного рыцаря «служителем господ бедных и больных», а затем возлагал на его плечи красную мантию с восьмиконечным мальтийским крестом.
Наибольшими преимуществами в организации обладали так называемые рыцари по праву, занимавшие самые высокие должности.
