Устав ордена окончательно сформировался еще на Родосе. В 1753 году основным учредительным документом стала так называемая конституция папы Бенедикта XIV. Через 20 лет папский указ дополнился кодексом Рогана, названным по имени создателя, великого магистра Эммануила де Рогана-Полдю. Не утратив изначальной сути, этот документ и сегодня остается руководством для всех членов ордена. На закате своей мальтийской истории кавалеры по-прежнему считали себя воинством Христовым и вели «борьбу за славу Бога и католическую веру», что подтверждал знак креста, украшавший все виды рыцарской одежды.
Когда численность ордена перешла все мыслимые пределы, капитул решил разделить его на составные части по национальному признаку. Образовавшиеся таким образом 8 языков объединяли выходцев из Прованса, Оверни, Франции, Италии, Арагона с Каталонией и Наваррой, Кастилии с Португалией, Германии, Англии с Ирландией и Шотландией. В царствование Генриха VIII англичане, перестав быть католиками, вышли из братства. Позже выходцам из туманного Альбиона разрешалось вступать в англо-баварский язык, учрежденный на территории Германии.
Короли и богатые феодалы жертвовали госпитальерам деньги и земли, из которых со временем образовались командорства, отчислявшие в орденскую казну часть доходов. Рыцарь, управляющий этим подразделением, носил титул командора. Группы командорств именовались бальяжами, а те составляли приорства и великие приорства, объединенные в соответствующие нации. Командорства могли сдаваться в аренду с целью получения налога за пользование землей – респонсии.
Великий магистр избирался пожизненно, имел решающий голос во всех орденских делах, осуществлял назначения на должности, присваивал почетные звания. Обладая широкими правами, он отчитывался в своих действиях только папе, хотя не мог не считаться с решениями Священного капитула (конвента). Утвержденные им законы и рекомендации исходили из положений католического права. Древние правила дополнялись или упразднялись в зависимости от условий, вслед за какими-то событиями либо в связи с обстоятельствами.
