Именно тогда в Валлетте появилась новая должность – великий инквизитор. Назначаемый папой, он имел большую власть и постоянно жил на острове, располагая новой, просторной резиденцией, где, помимо удобных комнат, имелись темницы и камеры пыток. Сегодня в резиденции великого инквизитора располагается Этнологический музей.

Орденский капитул в XIII веке

В одной части дворца представлены обычные для средневекового быта вещи, подобные крестьянским инструментам и церковной утвари. Прямо противоположное впечатление производят помещения другой части здания, где находятся зал суда, покои хозяина дворца и казематы, когда-то наводившие ужас на добропорядочных жителей Мальты.
Еще больший страх островитяне испытывали при виде небольшого здания на входе в Мдину, где ныне располагается Музей пыток. Все местные путеводители рекомендуют «посетить мдинскую темницу, дабы познать драматизм и таинственность давно ушедших дней, познакомиться с историей древних римлян и арабов, встретиться с рыцарями или даже Наполеоном». Человека с крепкими нервами и желудком здесь действительно ожидает много интересного. Жутковатые выставки, по сути, являются пособием в изучении теории и практики средневековых пыток. Заплатив всего лиру за вход, посетитель может заглянуть в стеклянные глаза висельников, внимательно рассмотреть знаменитый «испанский сапог», увидеть отрубленные и оторванные головы, четвертованных преступников или хорошо сохранившиеся внутренности людей, казненных лет 300–400 назад.
К концу столетия орденскими делами занимались три полномочных сеньора: великий магистр, независимый епископ и назначаемый папой инквизитор. Впоследствии каждый из них являлся источником ссор, которые после реформ стали повторяться чаще и проходили более напряженно.
Вражда высших должностных лиц неблагоприятно отражалась на местных жителях, которым пришлось участвовать в бесконечных раздорах. Первый избранный по рекомендации папы великий магистр Хьюг Лубенкс де Вердаль отменил самоуправление, существовавшее на Мальте с незапамятных времен.