Новые хозяева тоже гордились своей родовитостью и могли быть достойными соседями местных, однако те, обиженные невниманием папы, сотрудничать с непрошеными гостями отказались.
С XVI века Средиземноморье являлось ареной морских войн, важную роль в которых сыграли орденские мореходы. Прибыв на новые земли, они располагали небольшой флотилией, состоявшей из военного корабля «Санта-Анна», галер «Сан-Джованни», «Санта-Мария Витториозо», «Аквилла» и нескольких торговых судов. Примерно через 5 лет орденский флот вновь обрел былую мощь. Большой галеон в окружении галер трижды в год выходил в патрульное плавание по Средиземному морю. Немного позже вход в Большую гавань от форта Рикасолли до форта Сан-Эльмо был перекрыт железной цепью.
Тогда же устав ордена был дополнен пунктом о том, что в братство допускаются воины, не менее трех лет участвовавшие в морских походах. Титульный лист этого документа украшал личный герб Вилье де Лиль Адама, по обычаю соединенный с гербом ордена. В 1535 году иоанниты осадили и взяли штурмом турецкую крепость Гулетта, где находился арсенал Барбароссы. В ходе кампании на свободу вышли десятки тысяч христиан, а кавалеры стали богаче на 300 пушек и 87 галер. Затем так же легко был взят Тунис, из которого победители вынесли все имущество, но остаться в разграбленном и разрушенном городе не пожелали.

Галера орденского флота

В 1547 году турецкий отряд высадился на Мальте, по обыкновению ограбил прибрежные поселки, и быстро покинул остров. Спустя несколько лет вражеские корабли вновь бросили якоря в одной из мальтийских бухт. На сей раз объектом нападения стали слабо защищенные участки Мальты и Гоцо. Сумев захватить более 6 тысяч местных жителей вместе с небогатым имуществом, турки разорили бoльшую часть прибрежных селений. Орденский летописец Бозио подробно описал эту экспедицию, почему-то назвав несчастных мальтийцев бедуинами. Может быть, только после карательных операций госпитальеры ощутили реальную опасность и всерьез взялись за фортификацию.