Одним из пунктов договора ордену предписывалось выступить против пиратской агрессии.
Осенью 1530 года высокопоставленные братья во главе с Филиппом Вилье де Лиль Адамом прибыли на Мальту, символически перевернув страницу в истории ордена, ставшего отныне Мальтийским. «По вступлении на берег, – отмечал орденский хронист, – великий магистр с советом и главнейшими командорами пошли прямо в церковь Святого Лаврентия для принесения благодарности за покровительство небес; потом пустились искать себе пристойное жилище. При замке Сан-Анжело, который составлял единственное укрепление на сем острове, было селение, состоявшее большей частью из рыбачьих шалашей. В сих хижинах должны были поместиться командоры и кавалеры. Через несколько дней великий магистр принял во владение и столичный город, имеющий в окружности всего 1300 шагов».
Укрепления острова представляли собой жалкое зрелище: малочисленные, обветшавшие, они уже давно не использовались для обороны. На первое время защиту мог обеспечить лишь упомянутый в документе форт Сан-Анжело, хотя и тот требовал значительной перестройки. Единственным утешением послужила удобная гавань, впоследствии названная Большой. Расширенная и благоустроенная, в обновленном виде она сыграла существенную роль в развитии мальтийского флота.
Водное пространство залива делилось на части с помощью трех полуостровов. Оконечность одного из них занимал город Сенглеа, защищенный фортом Сан-Микаэль. Пустынные берега полуострова-горы Сцеберрас охранял форт Сан-Эльмо, названный в честь похожего укрепления на Родосе. Прикрывая вход в гавань, он препятствовал обстрелу крепости Биргу, стоявшей на третьем полуострове, за каменными стенами форта Сан-Анжело. Именно этот крошечный город глава ордена выбрал для устройства своей первой резиденции.
Разместив штаб-квартиру на побережье, братья отделились от мальтийской аристократии, обитавшей в Мдине, расположенной в глубине острова. Благородная древность старой столицы перекликалась с происхождением ее жителей, большинство из которых считали себя потомками знатных финикийских семейств.
