Странный выбор места определили, конечно, не отвесные скалы из песчаника, не отсутствие удобных причалов и питьевой воды, а близость Большой гавани. По плану столице отводилась роль несокрушимого бастиона, вследствие чего постройки были обнесены толстыми стенами.
Мощные оборонительные сооружения стали определяющим фактором при защите гавани и острова в целом. Разбив турецкое войско, победители испытали сильное желание покинуть лежащий в руинах остров. Груды камня на фоне унылого пейзажа вызывали тоску и, более того, сомнение в том, что разоренная земля сможет приобрести хотя бы довоенный облик. Даже великий магистр начал думать о переезде на континент, куда, кстати, отправились многие молодые кавалеры. Однако, вспомнив годы скитаний, унизительные мольбы о помощи, равнодушие сильных мира сего, он решился на возрождение Мальты, доставшейся слишком дорого, чтобы так легко от нее отказаться. Сомнения окончательно отпали, когда из Рима прибыл посланец папы, знаменитый военный архитектор Франческо Лапарелли де Картона. Известный всей Европе в качестве лучшего специалиста по фортификации, он прославился службой у герцога Козимо Медичи и смелыми проектами, вполне достойными ученика Микеланджело. Застав рыцарей в подавленном настроении, он уже через несколько дней представил на рассмотрение капитула детальный план застройки острова. Восковая модель будущей столицы была отправлена в Испанию для получения отзыва короля Филиппа II, и тот после некоторых поправок дал разрешение на строительство. Перед началом возведения фортификационных сооружений нужно было устроить широкий ров между двумя гаванями, чтобы отделить будущий город от основной части острова. По документам тех лет длина его составила 1000 м, глубина – 18 м и ширина – 20 м. Основные контуры построек намечали глинобитные стены и траншеи. Проектом предусматривалось срыть Сцеберрас, но завершить начатую планировку не удалось, поскольку, получив весть о скором нашествии турок, рыцари бросили основные силы на возведение стен.